Western Blot详解（2）

gl19860312

NNN.Western Blot中block的最短时间?
解答：每一步1小时足够了， 中间换抗体要洗的话多换液几次，每次时间10分钟就够，洗3次只要半小时。跑胶1小时， 转移1小时，block半小时就行，1抗1小时，洗半小时，2抗1小时，洗半小时，显色10分钟。一般跑两块胶，一块染色， 一块western。一天肯定完事，一般不用等到第二天。

OOO.想用Western检测基因转染后细胞培养上清中表达的目的蛋白（定性），分子量为20KD，浓度约为几百ng/ml。蛋白样品需浓缩、纯化吗？如何浓缩、纯化上清液中的目的蛋白？对小分子蛋白Western blot时需特别注意哪些条件？
解答：按照你提供的浓度，如果做Western Blot，是不用浓缩样品的. 对于20kd的小分子的蛋白，Western Blot中要注意的是：
1、转移时的时间，
2、转移时的电流或电压.
3、transfer buffer 中加20%的甲醇.
4、可以用13-15%的分离胶.

PPP.蛋白分子量大小分别为21kd、28kd，用的是湿转，请问多大电流，多长时间比较合适？
解答：分子量比较小，最好是用干转，湿转效率太高，易转过了。干转的话，用2.5 A/cm2， 30min就应该够了。湿转，按照bio-rad的说明，用100mA，也得要半个多小时吧。

QQQ.需要测同一种蛋白质的总量与磷酸化的量，但相互间干扰太大，怎么办？
解答：将膜放入stripping buffer（SDS 2%，Tris·Cl (PH=6.7) 62.5mM，beta-巯基乙醇 100mM）中，50℃孵育30分钟，TTBS西三次，再重新加入一抗，进行另一种抗原的检测。


RRR.做Western Blot实验时，发现转膜时的电流总是偏小，转膜的效率也偏低. 100V恒压转膜时的电流只有190mA左右，而以前都有250mA。体系和条件都和以前一样，只是环境温度比以前低了很多。
解答：有可能重复使用了转移缓冲液，随着离子的逐渐减少，电阻越来越大，当然恒压时电流越来越小了。建议更换转移缓冲液。反复使用不要超过三次。环境温度低是有利于转移的。

SSS.我电泳用的是恒流，一块胶，20mA，100分钟左右。转膜也是恒流，38mA，100分钟。而且我用别人的细胞和一抗在我的整个反应体系下做出来了，当然彼此的目的蛋白不同。所以，我想问题应该出在抗原和一抗上，不知对不对。一抗我买的是单抗，推荐的稀释度是1：100——1：1000。我用的是1：100。难道非要用多抗吗？按道理单抗也应该出条带呀！细胞用三去污剂裂解的，没有做定量，加巯基乙醇变性后，每孔上样20微升。提出的蛋白我保存在4度了，这样行吗？
解答：1、建议您用恒压进行电泳，先用70V，等跑过积层胶与分离胶的界限时，换用90-100V，再跑3小时左右。2、转膜可用恒流，但要根据你的膜的面积及所要检测的蛋白的分子量的大小来确定电流的大小，一般来讲，0.8-3.0mA/CM2，分子量大的蛋白就用的电流大些，譬如，你膜的面积是30CM2，蛋白的分子量是80KD，那么你就可以以2.0mA/CM2的条件进行，你就可以60mA的电流进行。3、我觉得你的抗体应该没问题。4、你提出的蛋白怎么保存在4度呢？我们实验事都是保存在-20度的，提出蛋白分装保存在-20度。


TTT.目的蛋白是一种6KD的分泌性蛋白，RT－PCR就显示细胞中mRNA表达不高，估计将培养上清冻干浓缩后采用Western Blot还可能检测不出，但如果用western，是否一定要用0.2μm的膜？用Tris-tricine SDS－PAGE电泳，电泳时分别管制三层凝胶，分离胶用40％T丙稀酰胺（2.6％C）浓度为16.5％，另外两层都用30％丙稀酰胺，中间一层浓度为10％，积层胶浓度为4％，凝胶厚度1mm，转膜的条件试过30V70分钟，膜上可见到小分子蛋白marker的条带，似乎见到目的条带，上样量为60μg细胞胞浆总蛋白，转膜的条件怎么样合适？
解答：一定要用0.2μm的膜，并且转移的条件要摸索一下，小分子的Western不好做，要根据你的实验器材来定，一般你要是有prestained marker就可以参照一下，如果相应的分子量大小的marker转移的好就可以了。


UUU.怎样才能把胶跑的非常漂亮，泳道和band都能很直，是不是上样的量很重要，罐胶有什么技巧吗？想跑漂亮，是不是应该先小电压，再高电压，总体上电压小些会跑的好些?还有前面有人说电泳液平玻璃板会使电泳条带漂亮些?
解答：影响跑胶跑的质量，有以下几个因素：1、电压，小的电压会使胶的分子筛效应得到充分发挥。电压越小，条带越漂亮，浓缩胶80v，分离胶100v就能跑得很好。2、胶的均匀度，胶越均匀，条带越窄，分离越均匀。倒胶之前，一定要充分混匀，玻璃板一定要干净，双蒸水隔离时，一定要比较轻地加上去，避免稀释上层的分离胶，使胶不均匀。

VVV.为什么提高大分子量蛋白的转移的时候，小分子量蛋白会丢失一些哪?什么原因?
解答：小分子的蛋白在转移过程中，会透过膜去，所以大分子的上去以后，有一部分小分子的就透过去了。

WWW.上次转染了1.6*106细胞，收集，收集到了400微升体积，加6*loading buffer， 95度煮5分钟，-20度，交替3次，离心，上样，7%分离胶，先80v跑进分离胶，在100v电泳至溴酚兰出胶，biorad半干转PDVF膜，15v转30分钟，预染marker全部进膜，转移后的胶考马斯亮兰染，可见残留的蛋白带，大分子量多些.blot时，封闭用5%奶粉TTBS 1小时，抗体稀释液TTBS，一抗(1:10，单抗上清，2000年制备)1小时，二抗(1:2000)1小时，均在室温.结果，50kd的小分子显色，160kd大分子未显色。
原因分析及准备改进：转染大容量的质粒(融合蛋白的质粒)的效率会相对较低，大分子量表达也会相对较低，加上大分子量蛋白的转移不完全，可能是我没有拿到大分子量条带结果的原因。另外背景稍微有一些脏(背景整体均匀一致)，估计是二抗的浓度高了些，准备降至1:5000，另外抗体稀释液准备改用5%奶粉TTBS，封闭改为室温2小时。这个过程有没有问题？
解答：首先分析你的整个实验步骤。我发现了两个比较大的毛病：
1、一抗用TBST稀释。按照我的理解，一抗最好用5%的TBST脱脂牛奶稀释，和你的封闭液相一致，这样可以降低背景。
2、“biorad半干转PDVF膜，15v转30分钟”，你是这么做的吗？因为我大部分时间是做的恒流转移，用的是0.1mA/膜，100kd--200kd转2小时。到最后电压会升到20v左右。你用恒压法，我不是很肯定你转30分钟能将大分子（160kd）的抗原转上去。我建议你最好能将时间延长，如果是恒流，可按我的做法；如果是恒压，可摸索一下，适当延长时间。有时候你的marker也有可能欺骗你，因为marker的量比较大，是很容易转上去的，实际上目标蛋白的量远远少于marker量。
我对你的结果分析如下：
1、你的结果很好，估计离目标不远了，很快就可以成功。
2、 没有160kd的带是因为你的转移时间过短，适当延长转移时间（我怀疑这是主要的问题）。
3、你的一抗用1：10，2抗可以降到1：5000，背景会低一点。

gl19860312

10.方法的介绍

XXX.我想将hbx转到hepg2 细胞里 通过检测hbx蛋白的水平来 检验转染的效率 不知道可不可行？
解答：Western Blot检测HBX蛋白的表达来检测转染效率不是一个好办法，建议还是：
1、最好是带有荧光标签的HBX转染来看转染效率，最可靠
2、其次，HBX和荧光载体共转染，相对说明问题
3、荧光载体单独转染，主要是看细胞好不好转了呵呵
转染效率高低荧光显微镜下一目了然了。有的细胞荧光强，有的细胞荧光弱，有的没有。所以HBX表达强很可能是少数细胞荧光强的结果，不代表转染效率。


YYY.半干法转移与胶的面积和蛋白分子两大小好像都有关系，那么湿法转移是不是所有的转移条件都一样呢？一般的条件是怎样的？
解答：半干转的电流大小是按照面积来算的，时间是根据蛋白分子大小定的；而湿转的话电流是恒定的，时间也是根据分子量而定。

ZZZ.转膜时何为湿法，何为半干法？
解答：半干法和湿法转移是两种不同的转移装置下的转移系统，将膜，胶，滤纸整个浸泡在buffer的Tank里转移的，叫湿法；用滤纸吸buffer来做转移体系的叫半干法。

AAAA.为什么浓缩胶和分离胶的电压不一致？同样的电压可以吗？
解答：浓缩胶的目的使得loading 的样品能够在同一条水平线上进入分离胶 ，如果电压太大前端的蛋白容易在后面的蛋白赶上来前进入分离胶。而在分离是理论上（实际上也是）小电压长时间分离的效果会更好，但是在操作过程中没有必要等那么长的时间，所以就用大电压快点跑。

BBBB.如果目的蛋白比较小，21和38kd，转膜时（Biorad的湿转仪）时间是否能缩短些？100伏电压，甲醇的量是否也可以相应增加？

解答：如果是小蛋白可以用小电压28V－36V，4－6hours，（4度）。甲醇10％－20％就可以了。

11.结果分析

CCCC.条带有时清晰，有时很散，不知为何？
解答：可能原因：样品可能存在降解；转膜不及时造成扩散；转移缓冲液甲醇浓度（ＮＣ膜可加到２０％，ＰＶＤＦ加到１５％）。

DDDD.显色目的条带又细又浅，靶蛋白是27KD的bcl-xl和67KD 的c-myc，应该是高表达。每个涌道上50-70μg蛋白，开始用半干转移，后来用湿转14v，16h，用PVDF膜转移。胶转移后染色检测，发现小分子量的基本转移走了，可是为什么条带老是不粗不浓呢?
解答：可能跟你的一抗有关系，还有应该高表达，那实际做的阳性对照是否是高表达；还有跟抗原量相关，你多上点蛋白会好的多；跟显色条件相关。

EEEE.背景很花，当然条带也很淡，如果我在显影液中多洗一会儿，背景就很深，以致无法辨认，但有时条带又很明显，背底很淡。
解答：这跟你washing的时间和强度有关，很可能你在这方面没有掌握好。显影时间是有范围的，久了肯定不行。

FFFF.纯化过的目的带包括其上下都出现了色带，而且对照菌也出现了条带，会是什么原因?
解答：一抗有问题，效价太低，且未纯化；表达量太低；提蛋白时可能出了问题。

GGGG.做Western Blot的检测的时候，用DAB显色还能看出条带，但是换成ECL的时候什么样结果都没有。我用的NOVA公司的发光底物，胶片是普通的X片，定影液和显影液都是别人留下来的，不知道是什么原因？
解答：一般的说，Ecl比DAB更灵敏，但是DAB是HRP最敏感的底物，所以有几种可能：
ECL底物失活了，你可以检测一下；敏感度正好不到ECl底物的范围。DAB能显色可不能催化ECL底物；显影液没用了。

HHHH.怎样分析结果，需要什么软件?
解答：如果你做定量或办定量，至少要用到一个光密度扫描分析软件，如果不是，直接分析就可以了。

IIII.积层胶、分离胶一般多少左右合适？
解答：一般电泳是积层胶60-80v，分离胶100v。

JJJJ.采用生物素标记的二抗－SABC-DAB检测系统做western，非特异性的条带和背景高？总蛋白考染的时候发现接近积层胶的条带比较清楚，条带也很窄，可是越靠下面的条带越来越宽，有的跑得都连在一起了，这是什么原因，如何解决？sds－page的时候恒压和恒流哪个好？
解答：非特异性的条带和背景高：可能性太多了，一抗，二抗，封闭的原因都可能。
总蛋白考染的时候发现接近积层胶的条带比较清楚，条带也很窄，可是越靠下面的条带越来越宽，有的跑得都连在一起了，这是什么原因，如何解决？正常的，另外，是否是你的积层胶有问题。sds－page的时候，恒压和恒流都可以用。

KKKK.血清样品进行Western Blot 分析，目的蛋白21kD，结果显色出来后，目的条带很淡，而白蛋白和IgG条带很浓？
解答：可能是因为白蛋白为67kD和目的蛋白相差教大，且他的浓度较低，你可以以底物二氨基联苯胺和0．01％过氧化氢溶液显色的时间延长为30分钟，再用去离子水漂洗以终止反应;也可能是抗体的特异性不好。把封闭的时间延长，同时提高封闭液的浓度，可以减少以下背景噪音。同时洗的时候要彻底，而目的条带弱，说明浓度不足，如果不考虑后续功能的话，你可以过G-50（细）柱子，纯化你的靶蛋白，接着真空冷冻浓缩，可以得到很漂亮的结果。

LLLL.Western转膜已经成功了，但是Marker泳道未见蛋白条带（正常应该有6条），其余各泳道均有清晰的蛋白条带，经考马斯亮蓝染胶，结果相同。经5％的脱脂牛奶封闭1小时45分钟后，进行一抗孵育（1：200，建议起始浓度）过夜，二抗孵育5个半小时（1：2000），均在室温下，DAB显色，虽出现蛋白条带，但较弱，且出现非特异性条带。请问：1、Marker是MBI公司的，可分离14-116KD的蛋白，买了大概有一年的时间，是否有问题？2、一抗（为多克隆抗体）、二抗的浓度及孵育的时间是否合适？
3、封闭的时间是否太短？
解答：1. marker 有可能被降解了， 也有可能是它标称的上样量太少，不够，我做过一个标称每次5ul可我上了20ul才行的。
2.建议，一抗4度过夜也很好， 建议1:100，室温2hrs就够了，
3. 二抗室温1小时，1:2000，我喜欢4度封闭过夜（室温2hr就够了），1抗室温1hr，2抗室温1hr，最好是一抗4度过夜（或室温2小时）1:200，2抗室温1小时1:2000， 换ECL法。