RNAi&miRNA] miRNA研究中常用的软件和数据库资源

gl19860312

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者有所帮助。

    （1）    miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 网址：http://mirbase.org/index.shtml

    （2）    starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

    （3）    Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：http://microrna.gr/tarbase/

    （4）    miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：http://mirecords.biolead.org/

    （5）    targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址http://www.targetscan.org/

    （6）    PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

    （7）    PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

    （8）    RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

    （9）    miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址：<http://www.microrna.org/microrna/home.do>

    （10）    MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。网址：<http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>

    （11）    miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址：<http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>

    （12）    miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址：<http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>

    （13）    MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址：<http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>

    （14）    miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址：<http://mirdb.org/miRDB/>

    （15）    RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。网址：<http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>

    （16）    miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址：<http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>

    （17）    Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。网址：<http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>

    （18）    miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。网址：<http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>

    （19）    CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。网址：<https://homes.bio.psu.edu/people ... llLab/Software.html>

    （20）    Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。网址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php